Las proteínas se mueven constantemente y cambian su conformación. La dinámica molecular suele responder a la pregunta de cuáles son las posibles conformaciones de las proteínas. Proteínas sin embargo, tienen una estructura muy complicada y abarrotada, y comprender los cambios en su comportamiento es una tarea desafiante debido a la gran cantidad de coordenadas a monitorear. La asimilación de la gran cantidad de datos moleculares a menudo implica una visualización creativa en 3-D, pero incluso con un esfuerzo considerable, se pueden perder detalles importantes. Esto condujo a un problema dual; no solo fue un desafío la visualización de datos, pero los científicos también corrían el riesgo de pasar por alto aspectos de sus propios resultados. Una herramienta novedosa llamada CONAN (CONtact ANalysis), desarrollado a partir de la "Biomecánica Molecular" en HITS, puede aliviar estos problemas mediante la compresión de estos datos 3-D en imágenes 2-D más simples que capturan las interacciones clave, mapas de contactos con nombre.

Los mapas de contacto miden distancias entre residuos, comprimiendo así estructuras 3-D en imágenes 2-D. Esto a menudo facilita la interpretación de los datos y hace que los cambios importantes sean más fáciles de detectar. Estos mapas de contacto generalmente solo se han utilizado para estudiar estructuras de proteínas individuales como una sola instantánea, pero de hecho se pueden obtener fácilmente para muchas estructuras, resultando en una película de mapa de contactos. Este análisis de alguna manera extiende el dicho "una cifra vale más que 1000 palabras" al régimen dinámico, dado que crea una multitud de posibles instantáneas de mapas de contacto a partir de una simulación, identificar subpoblaciones conformacionales y transiciones.

Hasta ahora, Los métodos de análisis basados ​​en mapas de contacto se han utilizado ampliamente solo para comprender estructuras individuales, como los de la base de datos de proteínas (PDB). Incluso cuando los métodos se generalizaron para simulaciones dinámicas, las implementaciones eran a menudo varios scripts de análisis "ad hoc", ya que no había una herramienta estandarizada. Esto significaba que las cantidades medidas y las definiciones eran inconsistentes y los resultados no eran directamente comparables. Sin embargo, la nueva herramienta "CONAN" es un estándar paquete fácil de usar que permite varios tipos diferentes de análisis, por ejemplo, incluido el análisis de componentes principales y el análisis de conglomerados.

La herramienta desarrollada por los investigadores de HITS Csaba Daday y Frauke Gräter del grupo de Biomecánica Molecular, así como por el ex miembro del grupo Davide Mercadante, llena un vacío y ofrece un completo, Programa fácil de usar que no requiere experiencia en programación y que puede ayudar a los científicos que realizan cálculos de dinámica molecular a comprender y presentar sus datos. Ojalá, esto conducirá a un uso más generalizado de estas medidas, y un conjunto de definiciones más uniforme. La herramienta es de acceso abierto y de uso gratuito. El equipo de HITS también optimiza constantemente el software y está abierto a recibir comentarios de la comunidad.