Los lípidos juegan un papel clave en muchas enfermedades metabólicas, incluida la hipertensión, diabetes, y accidente cerebrovascular. Por lo tanto, es importante tener un perfil completo de los lípidos del cuerpo, su "lipidoma".

Los estudios de lipidómica se basan a menudo en cromatografía líquida junto con espectrometría de masas en tándem (LC-MS / MS). Pero los investigadores tienen dificultades para procesar datos lo suficientemente rápido, y son incapaces de identificar con seguridad y cuantificar con precisión las especies de lípidos detectadas.

Las identificaciones incorrectas pueden dar lugar a interpretaciones biológicas engañosas. Sin embargo, las herramientas existentes no están diseñadas para la verificación de grandes volúmenes de identificaciones y deben verificarse manualmente para garantizar su precisión. Dado que los científicos desean cada vez más estudios de lipidómica a mayor escala, los analistas necesitan un software mejorado para identificar lípidos.

Un artículo reciente de la autora principal Jennifer E. Kyle y ocho coautores del Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) presenta un software de identificación de lípidos de código abierto, Cuantificación e identificación de lípidos (LIQUID). La puntuación es entrenable, la base de datos de búsqueda es personalizable, y se muestran múltiples líneas de evidencia, permitiendo identificaciones seguras. LIQUID también hace que las búsquedas de objetivos únicos y globales estén disponibles, así como búsquedas de patrones de fragmentos. Todo esto hace posible que los investigadores rastreen patrones similares y repetidos de espectros MS / MS.

En comparación con otro software de libre acceso que se utiliza comúnmente para identificar lípidos y otras moléculas pequeñas, LIQUID tiene un tiempo de procesamiento rápido que puede generar un mayor número de identificaciones de lípidos validadas más rápidamente. Su base de datos de referencia incluye más de 21, 200 objetivos de lípidos únicos en seis categorías de lípidos, 24 clases, y 63 subclases.

LIQUID puede identificar con seguridad más especies de lípidos con un tiempo combinado de procesamiento y validación más rápido que cualquier otro software en su campo.

¿Que sigue?

Los desarrolladores de LIQUID aumentarán la biblioteca de referencia para incluir lípidos que pueden ser exclusivos de estados patológicos particulares o de organismos de nichos ambientales seleccionados. Esto significa que los investigadores podrán caracterizar una gama más diversa de muestras y, por lo tanto, mejorar la comprensión de los sistemas biológicos y ambientales de interés.