Las bacterias heterótrofas neutrófilas y acidófilas constituyen la mayoría de las especies de bacterias. Los términos "neutrófilo" y "acidófilo" se refieren al nivel óptimo de pH de las especies bacterianas, una medida de la acidez o basicidad de una sustancia. Por ejemplo, el vinagre es ácido y el bicarbonato de sodio como base. La escala de pH varía de 0 a 14, con 7, el pH del agua pura, justo en el medio.

Heterótrofos neutrófilos

La mayoría de las bacterias, neutrófilos, viven en el suelo o en el agua y crezca mejor a un pH neutro entre 6 y 8. Si el pH varía demasiado fuera de este rango, las bacterias neutrofílicas no pueden sobrevivir. La mayoría de las bacterias que causan enfermedades en humanos también son heterótrofas neutrofílicas, muy adecuadas para sobrevivir dentro del cuerpo humano.

Heterótrofos acidófilos

Las bacterias acidófilas crecen mejor a niveles de pH más bajos, generalmente a un pH de 6, ya que tienen mecanismos biológicos que les permiten mantener su pH interno casi neutral. El drenaje ácido de la mina, la escorrentía altamente ácida contaminada proveniente de las áreas mineras, contiene una gran población de acidófilos que oxidan el sulfuro que se encuentra en los minerales metálicos. De acuerdo con el Science Education Resource Center en Carleton College, el acidófilo Ferroplasma encontrado en el drenaje ácido de la mina mostró niveles de pH tan bajos como cero.

Heterótrofos obviamente acidófilos

Los acidófilos obligados requieren un pH bajo, por debajo 4 o 5, para sobrevivir. La membrana celular de acidófilos obligados en realidad se disuelve a niveles de pH neutros, causando la muerte celular. Muchos acidófilos obligados también son termófilos, organismos que crecen mejor a altas temperaturas, y se encuentran comúnmente en suelos volcánicos. Thiobacillus ferrooxidans probablemente se clasifique como la bacteria acidófila oxidora más estudiada.