Las primeras células eucariotas aparecen en el registro fósil alrededor de 2,7 mil millones de años (bya) . Estos primeros eucariotas probablemente fueron organismos unicelulares y están representados por fósiles de acritarchs , que son microfósiles de paredes orgánicas de afinidad biológica incierta.

Sin embargo, hay evidencia que sugiere que los eucariotas pueden haber evolucionado incluso antes, posiblemente alrededor de 3.5 bya . Esta evidencia proviene de:

* Análisis de biomarcadores: Las moléculas específicas encontradas en rocas antiguas sugieren la presencia de organismos eucariotas incluso antes de la primera evidencia fósil.

* Análisis genético: Las comparaciones de material genético entre diferentes organismos indican un origen mucho más antiguo para los eucariotas.

Por lo tanto, mientras que la primera evidencia fósil concreta de células eucariotas se remonta a 2.7 bya , su origen puede ser mucho anterior, probablemente entre 3.5 y 2.7 bya .