El porcentaje de agarosa en un gel determina su tamaño de poro . Este tamaño de poro influye directamente en cómo se separan los fragmentos de ADN por electroforesis. He aquí por qué un científico podría elegir un porcentaje más alto o más bajo:

Porcentaje más alto de agarosa (por ejemplo, 1-2%):

* Tamaño de poro más pequeño: Esto permite una mejor separación de fragmentos de ADN más pequeños . El gel actúa como un tamiz, atrapando fragmentos más pequeños por más tiempo, lo que hace que migren más lentamente.

* utilizado para:

* Análisis de fragmentos de ADN menos de 1000 pares de bases (BP)

* Separación de alta resolución de pequeños fragmentos

* Análisis de polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (RFLP)

Porcentaje más bajo agarosa (por ejemplo, 0.5-0.8%):

* tamaño de poro más grande: Esto permite una migración más rápida de fragmentos de ADN más grandes .

* utilizado para:

* Separando fragmentos de ADN más grandes (más de 1000 pb)

* Análisis de ADN genómico

* Electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) para moléculas de ADN muy grandes

Consideraciones clave:

* Tamaño del fragmento: El tamaño de los fragmentos de ADN que está tratando de separar es el factor principal para determinar el porcentaje de gel.

* Resolución: Los geles porcentuales más altos proporcionan una mayor resolución para separar pequeños fragmentos, mientras que los geles porcentuales más bajos son mejores para separar fragmentos grandes.

* Tiempo de migración: Los geles porcentuales más alto ralentizan la migración, lo que requiere tiempos de funcionamiento más largos. Los geles porcentuales más bajos permiten una migración más rápida.

Ejemplo:

Si está analizando los productos de un resumen de enzimas de restricción que contiene fragmentos que van desde 500 a 1000 pb, es probable que elija un gel de agarosa al 1%. Si estuviera analizando el ADN genómico con fragmentos que varían de 50,000 a 100,000 pb, un gel de agarosa al 0,7% sería más apropiado.