Los componentes específicos del ADN que se unen a la hematoxilina son los grupos fosfato en la columna vertebral de la desoxirribosa. Estos grupos están dispuestos en un patrón regular y repetitivo que permite que las moléculas de hematoxilina se apilen unas sobre otras y formen un complejo estable.
Otros componentes del núcleo, como el ARN y las proteínas, no se unen a la hematoxilina con tanta fuerza como lo hace el ADN. Esto se debe a que no tienen tantos grupos ácidos como el ADN. Como resultado, la hematoxilina no los tiñe tan intensamente y aparecen de un color más claro bajo el microscopio.
La capacidad de la hematoxilina para teñir los núcleos de forma selectiva es una herramienta importante en histología, el estudio de los tejidos. Permite a los científicos visualizar los núcleos de las células y estudiar su estructura y función.