Sin embargo, en algunas especies el sexo no está determinado por los cromosomas sexuales. Más bien, está determinada por otros factores, como el entorno o la presencia de determinados genes. Por ejemplo, en algunas especies de reptiles el sexo está determinado por la temperatura a la que se incuban los huevos. En algunas especies de peces, el sexo está determinado por la presencia o ausencia de un único gen.
En un caso particular, la mosca de la fruta *Drosophila melanogaster*, un pequeño porcentaje de individuos se desarrolla como moscas intersexuales. Esto se debe a que algunas células de estas moscas no pueden "decir" si son machos o hembras. Estas moscas intersexuales tienen órganos reproductores masculinos y femeninos y pueden ser estériles.
El motivo de este fenómeno inusual no se comprende del todo, pero se cree que se debe a una mutación en un gen implicado en la determinación del sexo. Esta mutación hace que algunas células de la mosca se desarrollen con una identidad masculina, mientras que otras células se desarrollan con una identidad femenina. Como resultado, la mosca desarrolla órganos reproductores tanto masculinos como femeninos.
