1. Metilación del ADN:la metilación del ADN es una modificación química que implica la adición de un grupo metilo a los nucleótidos de citosina dentro de los dinucleótidos CpG. Los altos niveles de metilación del ADN, particularmente dentro de las islas CpG ubicadas cerca de los promotores de genes, pueden prevenir la unión de los PTF y obstaculizar la expresión génica. Por el contrario, la desmetilación o hipometilación del ADN puede crear regiones de cromatina más accesibles y promover la unión de PTF.
2. Modificaciones de histonas:Las histonas son proteínas alrededor de las cuales se envuelve el ADN para formar nucleosomas, las unidades básicas de la cromatina. Varias modificaciones de las histonas, como la acetilación, la metilación, la fosforilación y la ubiquitinación, pueden alterar la estructura de la cromatina e influir en la unión del PTF. La acetilación de histonas, por ejemplo, generalmente afloja la estructura de la cromatina, haciéndola más accesible para los PTF, mientras que ciertas marcas de metilación de histonas pueden promover o reprimir la unión de PTF según la modificación específica.
3. Posicionamiento de los nucleosomas:el posicionamiento y la densidad de los nucleosomas a lo largo del ADN pueden afectar la unión del PTF. Las regiones con nucleosomas densamente empaquetados (heterocromatina) son menos accesibles para los PTF, mientras que las regiones con nucleosomas menos densamente empaquetados o remodelados (eucromatina) son más accesibles. Los cambios en la posición y la densidad de los nucleosomas pueden verse influenciados por complejos de remodelación de cromatina dependientes de ATP y modificaciones de histonas.
4. ARN no codificantes:los ARN no codificantes (ncRNA), como los microRNA (miRNA) y los ARN largos no codificantes (lncRNA), también pueden afectar la unión del PTF. Algunos ncRNA pueden unirse directamente a los PTF y modular su actividad o localización. Además, los ncRNA pueden influir en la estructura de la cromatina al interactuar con el ADN y las proteínas, afectando así la accesibilidad de los sitios de unión del PTF.
Comprender cómo el paisaje epigenético influye en la unión de PTF es crucial para descifrar las redes reguladoras de genes y los procesos celulares que subyacen al desarrollo, la diferenciación y la enfermedad. Al manipular las modificaciones epigenéticas y la estructura de la cromatina, los investigadores pueden potencialmente regular la unión de los PTF y controlar la expresión genética, lo que ofrece nuevas vías para intervenciones terapéuticas.
