Para esta técnica de visualización, el bromuro de etidio se mezcla con polvo de agarosa, tampón de EDTA y agua para formar la matriz de gel antes de la electroforesis. Como resultado, las moléculas de bromuro de etidio se dispersan uniformemente por toda la matriz. Una vez que los pocillos del gel se han llenado con sus respectivas muestras de ADN y tintes de seguimiento, se aplica voltaje para extraer lentamente los compuestos polares grandes a través de la matriz.

Durante este movimiento, las bases de las moléculas de ADN se unen temporalmente a las partículas de bromuro de etidio, arrastrándolas. En el momento en que se completa la electroforesis, cada molécula de ADN ha recogido una cantidad significativa de bromuro de etidio.

En presencia de luz ultravioleta, el bromuro de etidio muestra fluorescencia. Los técnicos aplican una luz ultravioleta especialmente calibrada a través del gel mientras que una máquina captura la imagen de los fragmentos brillantes.

Azul de metileno

Si un transiluminador UV no está disponible o no es práctico, los técnicos pueden procesar el ADN visible en condiciones normales remojando el gel de agarosa terminado, con ADN electroforesis en el interior, en una solución de azul de metileno durante la noche.

Una sal de cloruro con un anión significativamente hidrófobo, las moléculas de azul de metileno penetran toda la matriz del gel. Sin embargo, el enlace de hidrógeno en todo el ADN hace que las moléculas de la mancha se acumulen. Esta mayor densidad de manchas alrededor del ADN produce un tono azul más intenso, visible a simple vista.

Tintes de seguimiento

Más allá del tamaño relativo de las bandas de ADN, los técnicos pueden medir el tamaño absoluto ( en pares de bases) de cada fragmento utilizando productos químicos llamados tintes de seguimiento. Visible sin la adición de azul de metileno o bromuro de etidio, los colorantes de rastreo como azul de bromofenol y xileno cianol se mueven a través de las matrices de gel aragose durante la electroforesis a la misma velocidad que los fragmentos de ADN que constan de 300 nucleótidos y 4000 nucleótidos, respectivamente. En la electroforesis, fragmentos de ADN más masivos viajan a través de la matriz del gel a una velocidad más lenta que los fragmentos más pequeños. Por lo tanto, mientras los tintes de seguimiento no influyen directamente en la visibilidad de los fragmentos de ADN, la comparación de la posición de un fragmento de ADN en el gel con la posición de estos colorantes permite a los técnicos "ver" el número aproximado de nucleótidos que contiene el fragmento de ADN.