Si bien es cierto que la gravedad masiva de Júpiter puede influir en las trayectorias de los cometas, y que el cometa Shoemaker-Levy 9 chocó con Júpiter en 1994, Hale-Bopp pasó relativamente lejos del planeta. Llegó a 1.3 unidades astronómicas (AU) de Júpiter en 1997, que es aproximadamente la distancia entre el sol y Marte. Esta distancia se considera demasiado lejos para que la gravedad de Júpiter altere significativamente el camino del cometa o cause una colisión.

El encuentro cercano de Hale-Bopp con Júpiter causó algunos cambios en su órbita, pero continuó en su camino alrededor del sol y todavía está en el sistema solar externo.