Neptuno tenía una gran mancha oscura , similar al gran punto rojo de Júpiter, que era una tormenta masiva visible en su atmósfera. Sin embargo, a diferencia de la tormenta de Júpiter, que ha persistido durante siglos, el gran punto oscuro de Neptuno desapareció en 1994.

Más tarde, apareció un nuevo punto oscuro en Neptuno, pero finalmente se disipó. Los científicos creen que estos puntos oscuros son probablemente grandes tormentas en la atmósfera de Neptuno.