Las tormentas se forman cuando la luna está más cerca de Júpiter. La interacción del débil campo magnético de Ganímedes con el poderoso campo magnético de Júpiter puede crear descargas eléctricas y relámpagos, que pueden calentar la atmósfera e impulsar los vientos. Estos vientos pueden alcanzar velocidades de más de 100 kilómetros por hora y provocar la formación de nubes visibles.
Las tormentas de Ganímedes son mucho más pequeñas y menos frecuentes que las de la Tierra o Júpiter. También están más localizados y ocurren principalmente cerca de los polos de la luna. Sin embargo, proporcionan evidencia de que Ganímedes es un mundo dinámico con una atmósfera activa.