Los hongos juegan un papel importante en el ciclo energético dentro y entre los ecosistemas. Los hongos se encuentran en ambientes terrestres, marinos y de agua dulce, y son parte de una comunidad diversa de "descomponedores" que descomponen plantas y animales muertos. Además de los hongos, esta comunidad incluye bacterias, pequeños invertebrados, como los nematodos, e invertebrados más grandes, como los caracoles, escarabajos y lombrices de tierra. Los hongos transforman la materia orgánica en formas que pueden ser utilizadas por otros descomponedores, y en alimento para las plantas.
Descomposición

Los hongos viven en todas partes donde hay humedad. Se pueden encontrar como organismos unicelulares, como la levadura, que son invisibles a simple vista, y como organismos multicelulares, como los hongos, que están formados por hebras de células llamadas "hifas". Los hongos son muy extendidos y numerosos. que constituyen una gran proporción de la biomasa en cualquier ecosistema dado. Los hongos juegan un papel muy importante en el proceso de descomposición, ya que pueden descomponer materiales orgánicos resistentes, como la celulosa y la lignina, que los invertebrados encuentran difíciles de digerir. Los hongos liberan enzimas digestivas que se utilizan para metabolizar compuestos orgánicos complejos en nutrientes solubles, como azúcares simples, nitratos y fosfatos. A diferencia de los animales, que digieren los alimentos dentro de sus cuerpos, los hongos digieren los alimentos fuera de sus "cuerpos" y luego absorben los nutrientes en sus células.
Nutrient Cycling

Las plantas requieren nutrientes para su crecimiento, pero los nutrientes rara vez son libres disponible en tierra o agua porque están encerrados en compuestos insolubles. Por lo tanto, las plantas dependen de los descomponedores para proporcionarles nutrientes solubles que pueden ser absorbidos por las raíces. Por ejemplo, el nitrógeno, uno de los nutrientes vegetales más importantes, está encerrado en proteínas que las plantas no absorben fácilmente, aunque se ha demostrado que algunas plantas lo hacen. Los hongos metabolizan las proteínas y liberan formas inorgánicas de nitrógeno, como el nitrato, que las raíces de las plantas pueden absorber fácilmente. En ambientes de agua dulce, los hongos son fundamentales en la transferencia de energía del bosque ribereño a los ecosistemas acuáticos, al descomponer la madera y la hojarasca que caen al agua. En los sistemas terrestres, los hongos transfieren energía desde el suelo hacia abajo, donde se recicla de nuevo a las plantas.
Simbiosis

Algunas especies de hongos forman relaciones simbióticas con las plantas. Los hongos micorrícicos están asociados con las raíces de las plantas. Esta relación es mutuamente beneficiosa porque los hongos facilitan la transferencia de nutrientes del suelo a las raíces de las plantas y, a su vez, reciben carbono de la planta. El carbono es almacenado por hongos en el suelo y, por lo tanto, no se libera como dióxido de carbono. Alguna vez se pensó que las plantas eran la única fuente de carbono para los hongos micorrícicos. Sin embargo, un artículo publicado en la edición de mayo de 2008 de "Ecología funcional" revela que los hongos micorrícicos pueden descomponer activamente el carbono orgánico y, por lo tanto, desempeñan un papel más importante en la pérdida de carbono y el aporte del suelo de lo que se pensaba anteriormente. Los líquenes son otro tipo de hongos que forman una relación simbiótica, pero lo hacen con las cianobacterias. Los líquenes brindan refugio a las bacterias, que a su vez producen energía y carbono para los líquenes a través de la fotosíntesis.
Fuente alimenticia

Hay muchos animales que dependen parcial o totalmente de hongos como fuente alimenticia. Los mamíferos herbívoros tienden a ser alimentadores oportunistas de hongos, comen hongos si se encuentran con ellos mientras navegan en el bosque. Sin embargo, para algunos animales, los hongos constituyen una gran parte de sus dietas. Ejemplos son el caribú, que depende en gran medida de los líquenes de los árboles como alimento durante el invierno, cuando no hay alimentos de hoja, y el potoroo de nariz larga, un mamífero australiano cuya dieta consiste casi exclusivamente en cuerpos fructíferos fúngicos. Muchos invertebrados también comen hongos, tanto de manera oportunista como activa. Los invertebrados de la corriente reciben energía extra cuando comen hojas en descomposición que tienen hongos creciendo en ellas. Las babosas de plátano se observan comúnmente alimentándose de hongos y otros hongos, que parecen favorecer a otros alimentos.