Un humedal natural es un ecosistema complejo. Al igual que otros ecosistemas, ya sean terrestres o acuáticos, muchos factores afectan la forma y la función de los humedales. Tanto los factores y procesos bióticos como abióticos son parte integral del ecosistema natural de los humedales. El término "biótico" se refiere a los seres vivos. El término "abiótico" se refiere a los materiales, procesos o factores que no existen.
Agua

El agua en sí misma es quizás el factor abiótico por excelencia en los humedales naturales. Aunque es esencial para prácticamente todos los procesos biológicos, el agua en sí no tiene vida y puede ocurrir independientemente de los seres vivos. En los humedales naturales, el agua es el medio en el que existe y funciona todo el ecosistema. Los humedales en regiones que han estado glaciadas en el pasado, en forma de capas de hielo masivas, pueden deberse a sus comienzos a los poderosos efectos de tallado del glaciar. Entonces, incluso el agua en esa forma dramáticamente diferente fue un factor significativo en el desarrollo de los humedales.
Air

A diferencia del agua, el aire está compuesto de más de un compuesto químico. El oxígeno, el nitrógeno, el dióxido de carbono y varias otras sustancias gaseosas forman la composición química del aire. El aire, especialmente el oxígeno contenido en él, es otro factor abiótico crítico en los humedales naturales. Prácticamente cualquier ecosistema de humedal presenta muchos tipos de plantas y animales. Las plantas verdes utilizan dióxido de carbono del aire; a su vez, liberan oxígeno como producto de desecho. Los animales hacen lo contrario; absorben y usan oxígeno y emiten dióxido de carbono como producto de desecho. Aunque hay organismos que pueden y viven y crecen en ausencia de oxígeno, la gran mayoría de las formas de vida en un humedal natural, tanto debajo del agua como por encima de su superficie, requieren oxígeno del aire.
Luz solar

La luz del sol es un factor abiótico esencial en los humedales naturales. La luz solar proporciona la energía que las plantas necesitan para realizar la fotosíntesis. Esa misma energía se transmite a otros organismos en el humedal a través de la cadena alimentaria o la red alimentaria. Y la temperatura, por supuesto, es un factor abiótico directamente relacionado con la cantidad de energía que el humedal recibe del sol.
Minerales

Debajo del agua, en el fondo de un humedal natural, hay materiales sedimentarios de varios tipos. Gran parte de este material es orgánico o biótico y surge de los restos en descomposición de organismos vivos en el humedal. Pero también hay un componente mineral en este material sedimentario. Las partículas minerales de diversos tipos y tamaños se entremezclan con el material orgánico. Al igual que en los ecosistemas terrestres, las plantas en el humedal natural deben obtener nutrientes minerales abióticos para poder vivir y crecer. Y los minerales no se limitan a los sedimentos del fondo; pueden disolverse directamente en el agua, donde forman una compleja mezcla química natural que influye en factores como el pH, una medida de la acidez en el agua.
Rocas

Además de la relativa partículas pequeñas de sedimentos minerales, a menudo hay rocas más grandes de varios tamaños y tipos en humedales. Ya sea una capa masiva y continua de lecho de roca subyacente al humedal y formando su base, o rocas relativamente más pequeñas que están debajo del agua o que sobresalen de la superficie, las rocas son un factor abiótico significativo en muchos humedales. Además de proporcionar sustratos para que las plantas y los animales crezcan o se posen sobre ellas, las rocas, a través de procesos naturales de degradación, se descomponen gradualmente y proporcionan nutrientes minerales al ecosistema de los humedales.