El número de protones en un átomo define su número atómico. El carbono, por definición, tiene un número atómico de 6. Por lo tanto, un átomo neutro de carbono-13 tendrá 6 protones .

El "13" en ¹³C se refiere a la masa atómica, que es el número total de protones y neutrones en el núcleo. Esto nos dice que ¹³C tiene 7 neutrones, pero el número de protones sigue siendo constante para todos los isótopos de carbono.