化学 (kagaku) - Este es el término más común y general para la "química" como disciplina científica.
ケミストリー (Kemisutorī) - Esta es una palabra de préstamo del inglés y se usa específicamente para referirse a la sensación de atracción o conexión entre dos personas, como la "química romántica".
Entonces, si estás hablando de la ciencia de la química, usa 化学 (kagaku) . Si está hablando de la atracción entre las personas, use ケミストリー (Kemisutorī) .