En la electroforesis se prefieren condiciones alcalinas (normalmente alrededor de pH 8,0 a 9,5) para separar fragmentos de ADN porque mejoran la resolución y separación de las moléculas de ADN. A pH alcalino, la columna vertebral del ADN se carga más negativamente debido a la desprotonación de los grupos fosfato. Este aumento de carga negativa mejora la movilidad electroforética de las moléculas de ADN, lo que permite una mejor separación según el tamaño.

2. ADN monocatenario:

Las condiciones alcalinas promueven la desnaturalización del ADN bicatenario en ADN monocatenario. Las moléculas de ADN monocatenario tienen una forma y un tamaño más uniformes en comparación con el ADN bicatenario, lo que facilita su separación durante la electroforesis.

3. Estabilidad del gel:

Los tampones alcalinos contribuyen a la estabilidad de los geles de agarosa utilizados en electroforesis. Los geles de agarosa tienden a derretirse a temperaturas más altas y las condiciones alcalinas ayudan a mantener su integridad durante las ejecuciones de electroforesis, evitando la deformación del gel.

4. Unión de bromuro de etidio:

El bromuro de etidio es un tinte fluorescente de uso común para visualizar ADN en geles de electroforesis. En condiciones alcalinas, el bromuro de etidio se une más eficientemente al ADN monocatenario, mejorando la intensidad de la fluorescencia y haciendo que las bandas de ADN sean más visibles.

5. Prevención de la fragmentación del ADN:

Las condiciones alcalinas minimizan la actividad de las ADNasas, que son enzimas que pueden degradar el ADN. El pH alto inhibe la actividad de estas enzimas, preservando la integridad de los fragmentos de ADN durante la electroforesis.

En general, las condiciones alcalinas en la electroforesis proporcionan una mejor resolución, una mayor separación del ADN, una mayor estabilidad del gel, una mejor unión del bromuro de etidio y protección contra la degradación del ADN, lo que las convierte en la opción preferida para el análisis de ADN y las técnicas de separación.