1. Incapacidad para aplicar a los organismos asexuales: El concepto de especie biológica define una especie como un grupo de organismos que pueden entrelazarse y producir descendientes fértiles. Los organismos asexuales, como las bacterias y algunas plantas, se reproducen sin apareamiento, por lo que este concepto no se aplica a ellas. Determinar los límites de las especies en estos organismos requiere otros métodos como el análisis genético.

2. Dificultades en la aplicación a las especies hibridantes: Algunas especies pueden entrelazarse y producir descendencia fértil, a pesar de que se consideran especies distintas. Esto es común en las plantas y también ocurre en algunos animales. Por ejemplo, el lobo gris y el coyote pueden entrelazarse, lo que hace que sea difícil aplicar el concepto de especies biológicas en estos casos. Esta ambigüedad puede conducir a un desacuerdo sobre dónde termina una especie y comienza otra.