1. Modificaciones postraduccionales limitadas: Las bacterias carecen de la maquinaria compleja que se encuentra en las células eucariotas para las modificaciones postraduccionales (PTM). Estas modificaciones, como la fosforilación, la glucosilación y la acetilación, son cruciales para el plegamiento, la estabilidad y la función adecuados de muchas proteínas. Esta limitación puede obstaculizar la producción de proteínas que requieren estas modificaciones para la actividad.

2. Potencial de toxicidad: Algunas proteínas, especialmente aquellas con propiedades citotóxicas o inmunogénicas, pueden ser perjudiciales para las células huésped bacterianas cuando se expresan en niveles altos. Esto puede conducir a una reducción de la producción de proteínas o incluso la muerte celular, lo que hace que sea difícil obtener grandes cantidades de la proteína deseada.

Estas limitaciones no son insuperables, pero deben considerarse al diseñar e implementar sistemas de expresión génica bacteriana.