En la transcripción, la cadena plantilla de ADN sirve como guía para la síntesis de ARN mensajero (ARNm) mediante el emparejamiento de bases complementarias con ribonucleótidos. Durante este proceso, las bases nitrogenadas específicas de la cadena de ADN se emparejan con sus bases complementarias de los ribonucleótidos entrantes. Estas son las reglas de emparejamiento de bases durante la transcripción:

- Adenina (A) en la cadena plantilla de ADN se empareja con uracilo (U) en la cadena de ARN.

- Timina (T) en la cadena molde de ADN permanece desapareada, ya que no hay una base correspondiente en el ARN.

- Citosina (C) en la cadena plantilla de ADN se empareja con guanina (G) en la cadena de ARN.

- Guanina (G) en la cadena plantilla de ADN se empareja con Citosina (C) en la cadena de ARN.

Durante la transcripción, una enzima ARN polimerasa lee la cadena plantilla de ADN en la dirección 5' a 3' y sintetiza una molécula de ARN complementaria añadiendo secuencialmente ribonucleótidos en la dirección 5' a 3'. Este mecanismo de emparejamiento de bases garantiza que la transcripción de ARN sea una copia exacta de la plantilla de ADN, excepto por la presencia de uracilo (U) en lugar de timina (T), lo que lo hace adecuado para la traducción en proteínas.