Los eucariotas son cualquier tipo de organismos que tienen células complejas que incluyen mitocondrias, núcleos y otras partes celulares. Los tres grupos celulares principales son hongos, plantas y animales. Muchos hongos solo están relacionados con las plantas de manera superficial. Pueden parecerse a las plantas y tener paredes celulares que son similares a las paredes celulares de las plantas, pero hay un árbol de frenología que muestra cómo los hongos pueden estar más estrechamente relacionados con los animales que las plantas. Debido a que los animales están más cerca en la historia evolutiva de los hongos que las plantas, se podría decir que un hongo está más cerca del "ser humano" de un humano que de los vegetales en una barra de ensaladas.
Proteína

Las secuencias de proteínas de los hongos son más parecidos a los animales que a las plantas. Por ejemplo, la proteína del moho del limo celular se parece más a la proteína animal que a la proteína vegetal. La longitud de los ribosomas en los hongos muestra un aminoácido que es similar al músculo. De hecho, hay varias secuencias de aminoácidos que son similares a las proteínas de cadena pesada en mamíferos. Uno de estos aminoácidos es 81 por ciento idéntico a un aminoácido humano.
Clorofila

La celulosa vegetal es diferente de la celulosa fúngica. Cuando se hace una radiografía, la celulosa vegetal es más cristalina que la celulosa fúngica. Tanto los hongos como los animales no contienen cloroblastos, lo que significa que ni los hongos ni los animales pueden procesar la fotosíntesis. La clorofila hace que las plantas sean verdes y proporciona nutrición vegetal. Por el contrario, los hongos absorben nutrientes del material vegetal en descomposición a través de un proceso enzimático, y los animales ingieren sus alimentos.
Quitina

Los hongos y los animales contienen una molécula de polisacárido llamada quitina que las plantas no comparten. La quitina es un carbohidrato complejo que se usa como componente estructural. Los hongos usan quitina como elemento estructural en las paredes celulares. En los animales, la quitina está contenida en el exoesqueleto de los insectos y en los picos de los moluscos. La quitina funciona de manera similar a la celulosa vegetal, pero la quitina es más fuerte. Los estudios realizados en hongos polisacáridos mostraron que la adición de álcali que contiene nitrógeno destruye hongos y produce ácido acético. Estas reacciones químicas no ocurrieron en los polisacáridos vegetales.
Los hongos no son algas

Las algas son las plantas más simples y primitivas. En 1955, el Dr. George W. Martin concluyó que los hongos se derivaban de algas que habían perdido clorofila. Sin embargo, la hipótesis de Martin no consideró que las condiciones atmosféricas podrían haber sido diferentes cuando comenzó la vida de lo que eran en 1955. Además, Martin no tuvo en cuenta que las bacterias fijadoras de nitrógeno podrían haber existido incluso antes de que las plantas evolucionaran, lo que podría haber sido utilizado como fuente de alimento para los hongos. En 1966, el Dr. A.S. Sussman observó que si bien los hongos se parecían superficialmente a las algas, había aspectos de los hongos, como los núcleos y la organización celular, que no podían explicarse.
Esteroles

Algunos biólogos han citado que los esteroles animales y fúngicos son diferentes , por lo tanto, los hongos no pueden ser similares a los animales. Los animales producen colesterol, mientras que los hongos producen ergosterol. Tras un examen más detallado, tanto los esteroles fúngicos como los animales contienen lanosterol, mientras que los fitoesteroles en las plantas verdes contienen cicloartenol.
¿Su propia categoría?

Quizás los hongos no se derivan de plantas ni de animales unicelulares. Algunos biólogos han argumentado que los hongos son filogenéticamente distintos de todos los demás eucariotas. Los hongos parecen ser únicos en el hecho de que solo requieren un factor de elongación de traducción llamado EF-3. Hay algunas actividades proteicas que son esenciales para el alargamiento de la traducción in vivo.