La secuenciación de ARN es una técnica ampliamente utilizada en biología molecular que permite a los investigadores perfilar los niveles de expresión de genes en una muestra biológica. Sin embargo, la interpretación precisa de los datos de RNA-seq puede resultar un desafío debido a varios sesgos que pueden surgir durante el proceso.
Estos sesgos pueden surgir de las características inherentes de las moléculas de ARN, como su composición de secuencia y modificaciones químicas, así como de factores técnicos relacionados con la preparación de la biblioteca y las metodologías de secuenciación. Como resultado, ciertas secuencias de ARN pueden amplificarse o suprimirse preferentemente durante el proceso de secuenciación de ARN, lo que lleva a mediciones de expresión génica inexactas.
Para abordar este problema, investigadores de UC San Diego desarrollaron ORION, una plataforma en línea que integra datos de múltiples fuentes para proporcionar una comprensión integral de los sesgos de secuencia de ARN. La herramienta permite a los usuarios explorar los efectos potenciales de estos sesgos en los patrones de expresión genética e identificar regiones de la secuencia de ARN que son particularmente susceptibles a estos sesgos.
Los investigadores demostraron la utilidad de ORION analizando datos de RNA-seq de células sanas y cancerosas. Descubrieron que ORION podía identificar eficazmente regiones de la secuencia de ARN que estaban sesgadas debido a mutaciones o cambios en las condiciones ambientales, lo que permitía una interpretación más precisa de los datos de secuencia de ARN.
Además, ORION puede ayudar a los investigadores a optimizar su diseño experimental de secuencia de ARN al sugerir regiones de secuencia de ARN que tienen menos probabilidades de verse afectadas por sesgos, lo que lleva a mediciones de expresión genética más confiables y reproducibles.
En general, el portal ORION proporciona un recurso valioso para los investigadores que estudian la expresión genética utilizando RNA-seq. La herramienta contribuye a mejorar nuestra comprensión del impacto de los sesgos de secuencia de ARN y permite un análisis más preciso y confiable de los datos de secuencia de ARN.
