Los principales tipos de bacterias se clasificaron tradicionalmente por características físicas o reacciones a diferentes tipos de tinción. El advenimiento de la genética molecular ha permitido una división más cuidadosa de los diferentes grupos de bacterias. Muchos científicos creen que la antigua clasificación de bacterias debería dividirse en dos o más reinos.
Reinos
La clasificación más alta de los seres vivos son los reinos. Las bacterias fueron una vez clasificadas en un reino conocido como Protista, pero muchos científicos argumentan que el antiguo reino debería dividirse en dos reinos basados en evidencia genética molecular. Los nuevos reinos serían bacterias verdaderas, Eubacteria y bacterias antiguas, Archaebacteria, que hoy sobreviven en ambientes extremos. Algunos sugieren una nueva división filogenética conocida como dominios o superganismos, debido a que las Archaebacterias son tan distintas que podrían dividirse en tres reinos propios: Crenarchaeota, la bacteria termófila; Euryarchaeota, bacterias halófilas y metanogénicas; y Korarchaeota, que se encuentran en aguas termales.
Phylums
Para las bacterias distintas de las Archaebacteria, existen cinco filums distintos, la siguiente rama del árbol filogenético. Las Proteobacterias son simbióticas con las plantas y las ayudan a fijar el nitrógeno de la atmósfera. Las cianobacterias son conocidas como bacterias azul-verdes. Las eubacterias son bacterias gram positivas clasificadas tradicionalmente y tienen paredes celulares que tienen diferentes capas que otras bacterias. Las espiroquetas crecen en colonias en espiral. Las clamidias son parásitos intracelulares.
Clasificación tradicional
Las bacterias se pueden describir como patógenas (causantes de enfermedades) o no patógenas. También se pueden describir como Gram-positivos o Gram-negativos. Esto se refiere a si absorben o no un colorante mediante tinción de Gram. Las bacterias Gram-positivas carecen de una membrana celular externa, y los peptidoglicanos permiten que se tiñen con cristal violeta. Las bacterias Gram-negativas tienen una membrana celular externa pero carecen de peptidoglicanos, lo que impide que se manchen.