Se cree que H. floresiensis evolucionó a partir de un homínido primitivo que llegó a Flores hace unos 840.000 años. Se cree que estos primeros homínidos quedaron varados en la isla y, con el tiempo, evolucionaron hacia una forma más pequeña y compacta. Se cree que esta reducción de tamaño es resultado del enanismo insular, un fenómeno que ocurre cuando los animales que viven en islas se vuelven más pequeños que sus parientes continentales.
Se cree que el enanismo insular se produce por varias razones, incluidos recursos limitados, competencia de otras especies y falta de depredadores. En el caso de H. floresiensis, se cree que los recursos limitados de la isla y la competencia de otros animales, como ratas gigantes y dragones de Komodo, pueden haber sido los principales factores que llevaron a su pequeño tamaño.
H. floresiensis es una de las especies de homínidos más interesantes y enigmáticas jamás descubiertas. Su pequeño tamaño, sus características únicas y el hecho de que vivió hasta hace relativamente poco tiempo lo convierten en una parte importante de la historia evolutiva humana.