Las simulaciones moleculares, como las realizadas con el paquete de software LAMMPS, pueden proporcionar información valiosa sobre el proceso de ensamblaje de la cápside. Estas simulaciones pueden modelar las interacciones entre las proteínas de la cápside y el material genético, así como los cambios estructurales que ocurren durante el ensamblaje. Esta información puede ayudar a los investigadores a identificar objetivos potenciales para medicamentos antivirales y a diseñar nanocontenedores que imiten el mecanismo de empaquetamiento del virus para la administración de medicamentos.
Un ejemplo de cómo se han utilizado simulaciones para estudiar el ensamblaje de la cápside es un estudio publicado en la revista Nature Communications en 2018. En este estudio, los investigadores utilizaron LAMMPS para simular el autoensamblaje de la cápside del virus del papiloma humano (VPH). Las simulaciones revelaron los detalles estructurales del proceso de ensamblaje de la cápside e identificaron interacciones clave entre las proteínas de la cápside. Esta información podría usarse para diseñar medicamentos que se dirijan a estas interacciones y eviten que el virus se replique.
Otro ejemplo es un estudio publicado en la revista ACS Nano en 2019. En este estudio, los investigadores utilizaron LAMMPS para simular el autoensamblaje de un nanocontenedor inspirado en la cápside del virus del mosaico del caupí (CPMV). Las simulaciones demostraron que el nanocontenedor podía empaquetar y administrar con éxito una molécula de fármaco a las células cancerosas. Este estudio demuestra cómo se pueden utilizar simulaciones para diseñar nanocontenedores para la administración de fármacos que imiten los mecanismos eficientes de empaquetado de los virus.
En resumen, las simulaciones del ensamblaje de la cápside de virus pueden proporcionar información valiosa sobre el proceso de replicación de los virus y ayudar a identificar objetivos para medicamentos antivirales. Estas simulaciones también se pueden utilizar para diseñar nanocontenedores para la administración de fármacos que imiten los eficientes mecanismos de empaquetado del virus.
