Sí, "las últimas manchas del atardecer se habían derretido" es una metáfora. Las metáforas son figuras retóricas que comparan dos cosas diferentes sin utilizar las palabras "me gusta" o "como". En este caso, la metáfora compara los últimos rayos de sol que desaparecen en el cielo con manchas que se derriten. Esta comparación sugiere que la puesta de sol se está desvaneciendo y desapareciendo, del mismo modo que las manchas pueden desvanecerse y desaparecer gradualmente de una superficie con el tiempo.