Los desiertos contienen una variedad de hongos. Algunas colonias de tipos de hongos del desierto pueden vivir durante millones de años prolongando el proceso de desarrollo. Otros crean relaciones simbióticas con otros organismos para asegurar la supervivencia. Los hongos del desierto pueden permanecer latentes en el suelo del desierto hasta que se alteran, luego atacan con esporas tóxicas que causan enfermedades graves. Algunos tipos de hongos del desierto pueden pintar lienzos del desierto con manchas de colores brillantes.
Líquenes

Los líquenes, conocidos como "plantas pioneras", son organismos diminutos que pueden soportar ambientes y sequías ásperas, calientes y frías. El cuerpo de un liquen, o talo, está compuesto de algas y hongos que crecen juntos en una relación simbiótica. Las células de algas proporcionan nutrientes para el hongo, y el hongo protege las algas de las condiciones atmosféricas.

Los líquenes pueden crecer en superficies inusuales como arena, rocas, tierra, huesos de animales y metal oxidado. Los líquenes crecen en una variedad de colores, como tonos de rojo, naranja, amarillo, verde y marrón. Más de una docena de especies de hongos pueden crecer en una roca.

Se conocen aproximadamente 15,000 especies de líquenes. Ciertos líquenes como los líquenes crujientes (un hongo similar a la corteza) pueden vivir durante cientos o miles de años debido a una tasa de crecimiento lenta. Los líquenes crustosos pueden desarrollarse en las rocas. Ciertos líquenes están en peligro de extinción porque el aire contaminado y el agua de lluvia pueden destruir las células de las algas, matando al compañero fúngico.
Micorrizas

Las micorrizas son sistemas fúngicos de plantas que desarrollan una relación simbiótica con las raíces de las plantas. Las raíces proporcionan los nutrientes necesarios y un sitio para que los hongos unan sus hilos. Los hongos protegen a la planta de ataques como los patógenos, y sus hilos funcionan como un sistema de raíces para ayudar a la planta a recibir agua y nutrientes adicionales. Una vez que se desarrolla la relación, una planta puede depender de las micorrizas cuando se suspenden sus nutrientes.

Las micorrizas se dividen en dos tipos: ectomicorrizas y endomicorrizas. Ectomycorrhizae produce una cubierta alrededor de las raíces de una planta. La cubierta produce hifas (constituyentes del cuerpo del hongo como hilos) en las raíces y luego en el suelo. Los hilos de endomicorrizas crecen en las células y luego en el suelo. El hongo mejora la resistencia a la sequía, la inmunidad a la enfermedad y la absorción de nutrientes para la planta huésped.
Hongos

Podaxis, o melena peluda del desierto, se encuentra en el desierto de Sonora y otros desiertos de todo el mundo. Podaxis está relacionada con la familia de hongos Agaricaceae. El hongo se asemeja a un puffball; Es leñoso y fibroso. El cuerpo fructífero del Podaxis brota de suelos desérticos, suelos arenosos y bordes de carreteras después de las temporadas de lluvia. Sin embargo, si no llueve, el cuerpo fructífero no emergerá. El pileus (tapa) permanece cerrado durante el proceso de desarrollo para proteger el tejido fértil, las branquias y las esporas de doble pared de la desecación.
Coccidioides

El género Coccidioides es un hongo del suelo que comprende dos especies: Coccidioides immitis y Coccidioides posadasii. Ambas especies se encuentran en los suelos desérticos de América del Norte y del Sur. Cada especie crea hifas y esporas en el suelo. Cuando el suelo que contiene las esporas se ve perturbado por humanos o por asaltos naturales como tormentas de polvo, las esporas se transportan por el aire. La inhalación de esporas puede causar una infección micótica no contagiosa llamada coccidiodomicosis o fiebre del valle. En casos raros, si se inhalan innumerables esporas de cualquiera de las especies, puede ser fatal.