A medida que el agua desciende por el suelo, transporta algunos de los nutrientes que usan las plantas, como los nitratos y el azufre. Este proceso se llama lixiviación. En circunstancias normales, se producen niveles menores de lixiviación con la lluvia típica, y la descomposición de los materiales orgánicos en la superficie reabastece el suelo. En el caso de lluvia excesiva o riego, los efectos de la lixiviación del suelo pueden ser más dramáticos.
Acidificación del suelo

Al igual que una piscina, el suelo mantiene un nivel de pH. En esencia, un pH más bajo significa una mayor acidez. A los fines de la producción de plantas agrícolas, como la agricultura, un suelo ligeramente ácido generalmente genera los mejores resultados. Sin embargo, cuando la lixiviación elimina demasiado contenido de nitrato del suelo, el pH cae demasiado y el suelo se vuelve demasiado ácido. La acidificación del suelo produce numerosas consecuencias negativas en sí misma, que incluyen la alteración de los tipos de microbios del suelo, la contaminación de las aguas superficiales y la disminución de las poblaciones de lombrices de tierra. Los nutrientes permanecen en los niveles más bajos del suelo. El resto de los nutrientes llegan al agua subterránea, lo que lleva a una pérdida permanente de esos nutrientes para las plantas de la superficie. Este exceso de contenido de nitrato en el agua subterránea plantea algunas amenazas para la salud humana. Los bebés carecen de la capacidad de procesar adecuadamente los nitratos y convertirlos en nitrito, que se une con la hemoglobina y limita la distribución de oxígeno en el cuerpo. También preocupante, una cantidad de pesticidas ingresan al agua subterránea a través del proceso de lixiviación. La exposición a pesticidas tiene graves consecuencias para la salud que van desde defectos de nacimiento hasta cáncer.
Eliminación de sal

La eliminación de sal en el suelo presenta una aplicación beneficiosa de la lixiviación. El alto contenido de sal en el suelo limita la capacidad de germinación de las semillas, así como el crecimiento de las plantas y el rendimiento de los cultivos. La lixiviación controlada, generalmente a través del riego, elimina o reduce el contenido total de sal en el suelo, lo que permite cultivos más saludables. En algunos casos, el proceso también requiere un método de drenaje artificial.
Erosión

Si bien no es directamente responsable de la erosión, los efectos de la lixiviación de nutrientes brindan la oportunidad de que ocurra la erosión. Por ejemplo, la acidificación del suelo puede limitar los tipos de plantas que crecen en un área particular, lo que conduce a sistemas radiculares poco desarrollados. Este pobre desarrollo del sistema radicular, combinado con la reducción de las poblaciones de lombrices de tierra, que contribuyen a la calidad del suelo, aumenta la probabilidad de escorrentía y eliminación de la capa superior del suelo por el viento.