Las arqueobacterias son organismos que en realidad son muy diferentes bioquímicamente y genéticamente de otras bacterias. Por lo tanto, arqueobacterias es un término obsoleto, y ahora se clasifican en el dominio Archaea. Las clasificaciones dentro de este dominio no son oficiales debido a los debates sobre la descendencia de los microbios. Muchos viven en las temperaturas extremas de los respiraderos hidrotermales en las profundidades del océano o en las aguas termales y algunos viven en lodo privado de oxígeno. Otros viven en agua muy salada y aún otros en ambientes alcalinos o ácidos extremos, o incluso en petróleo. Los siguientes ejemplos se clasifican por orden taxonómico de reino, filo, clase, orden, familia, género y especie.
Hidrotermal Vent Archaea

Un ejemplo en el dominio Archaea es Methanocaldococcus jannaschii
, actualmente clasificado como Archaea: Euryarchaeota: Methanobacteria; Methanobacteriales: Methanobacteriaceae, Methanocaldococcus y especies jannaschii. Se obtuvo de una ventilación hidrotermal en el fondo del océano que vive a presiones de más de 200 atmósferas y temperaturas superiores a 85 grados centígrados. Sobrevive sin oxígeno y produce metano como producto de su metabolismo.
Archaea prosperando en el intestino humano

Methanibrevibacter smithii
actualmente clasificado como Archaea; ", 3, [[Metanobacterias; Metanobacteriales; Methanobacteriaceae; Methanobrevibacter, y especies smithii. Ocupa el intestino humano y funciona sin oxígeno. Convierte CO _{2 en metano y es importante en la descomposición de nutrientes.
Salt Loving Archaea}

Haloquadra walsbyi
está clasificada actualmente como Archaea; ", 3, [[Halobacterias; Halobacteriales; Halobacteriaceae; ", 3, [[y especies walsbyi. Reside en ambientes extremadamente salados y utiliza energía del sol en el proceso fotosintético. Tienen forma cuadrada y tienen sacos llenos de gas que les permiten flotar. También pueden unirse y formar grandes láminas.
Archaea de aguas profundas que usan azufre

Thermococcus litoralis
es otra especie de venteo térmico de aguas profundas. Actualmente está clasificado como Archaea; ", 3, [[Termococos; Termococcacae; Thermococcus; y especies litoralis. Requiere azufre para crecer y, a diferencia de los otros ejemplos, no produce metano. Prospera a altas temperaturas y es una de las arqueas, incluidas las especies aún por descubrir.
La pequeña arquería parásita se encuentra sola en la clasificación

Nanoarchaeum equitans
es el único miembro conocido de la subclase Nanoarchaeota de Archaea. Los científicos lo encontraron viviendo en las paredes celulares de una nueva especie de Ignicoccus
encontrada en el fondo del océano, cerca de los respiraderos termales y en una fuente termal ubicada en el Parque Nacional de Yellowstone. Nanoarchaeum equitans
, que parece tener una relación parasitaria con la especie Ignicoccus
, es pequeña, de solo 400 nanómetros de diámetro y parece prosperar en temperaturas entre 167 y 204 grados Fahrenheit.