Sin embargo, no todos los investigadores están de acuerdo en que Homo floresiensis fuera una isla enana. Algunos argumentan que su pequeño tamaño puede haber sido resultado de otros factores, como la deriva genética o la endogamia. Además, algunos investigadores han sugerido que Homo floresiensis puede no haber sido una especie separada del Homo sapiens, sino más bien una población de humanos modernos con una condición genética que causó el enanismo.
La cuestión de si Homo floresiensis era una isla enana sigue siendo un tema de debate entre los científicos. Se necesitan más investigaciones para determinar la verdadera naturaleza de este homínido extinto.