La electroforesis en gel de dodecilsulfato de poliacrilamida sódica (SDS-PAGE) es un método bioquímico para identificar proteínas en solución. Como lo ilustra Mathews et al en "Biochemistry", las muestras de proteínas se cargan primero en "pozos" o agujeros en un extremo del bloque de gel de poliacrilamida. Luego se aplica un campo eléctrico al gel. SDS, agregado a las muestras cargadas, niega la carga natural de las proteínas. Por esta razón, el peso molecular de la proteína por sí solo determina la velocidad de migración de las proteínas a medida que se mueven a través del gel hacia el polo de carga positiva, señala Bitesize Bio. Por lo tanto, múltiples proteínas en la misma muestra se separarán y migrarán a diferentes posiciones.
Oriente la fotografía del gel. "Arriba" es la ubicación de los pozos donde originalmente se agregaron las muestras. "Inferior" es donde migraron las muestras hacia la parte frontal del colorante, que generalmente indica el frente de migración de las muestras. O bien la izquierda o la derecha debe contener un "marcador", utilizado como una guía de peso molecular predecible.
Etiquete las muestras para cada carril. En la parte superior, las muestras añadidas a los pozos habrán migrado verticalmente en "carriles". Por lo tanto, todas las barras visibles en una columna vertical provienen de la muestra que se carga directamente encima de ella. Usa la regla y el bolígrafo para colocar bordes en los carriles si es difícil visualizar columnas.
Rotula los tamaños moleculares de las bandas en el carril marcador. Los marcadores comercialmente disponibles vienen con una imagen del patrón de bandas que se espera junto con los pesos moleculares de cada banda. Las bandas son las "barras" horizontales oscuras, que en realidad son proteínas teñidas incrustadas en el gel.
Dibuja líneas horizontales claras que se extienden desde cada banda de marcadores hasta el borde opuesto del gel. Tenga cuidado de hacer que estas líneas sean paralelas a los pozos y al frente del tinte. Estas líneas indican dónde se ubicarían las proteínas del peso molecular indicado por cada una de las bandas de marcador en cada carril. Por ejemplo, una banda en el carril 4 que reside justo debajo de la línea extendida desde la banda de marcador de 25 kilodalton sugeriría que la banda del carril 4 es casi de 25 kilodaltons de peso molecular.
Etiquete cada banda en cada carril con su peso molecular estimado. Utilice los marcadores como guía y calcule los valores entre los tamaños de los marcadores.
Debajo de la fotografía del gel, haga una lista de "proteínas" para cada carril. Comience declarando lo que se conoce sobre cada muestra, como su origen o condiciones. Luego, enumere el peso molecular estimado de cada banda en el carril. Los carriles con una banda indican que la muestra contiene solo una proteína. Los carriles con múltiples bandas indican la presencia de proteínas múltiples. Las bandas que se ejecutan con el frente de migración son más pequeñas que las sugeridas por el marcador más cercano y probablemente no puedan predecirse excepto como "más pequeñas que" indica el marcador.
En la lista de proteínas, observe las rarezas. Una apariencia "untada" puede indicar que hay demasiadas proteínas o que la viscosidad de la muestra afecta su migración. Si las bandas parecen ir más allá del borde del carril o son bastante grandes en comparación con otras bandas, entonces la concentración de esa proteína es probablemente demasiado alto y debería diluirse en la electroforesis futura. Un tono grisáceo en todo el carril, más oscuro que el color de fondo del gel, indica fragmentos de proteína indistinguibles.
Determine la identidad de las proteínas en cada carril. Aunque esto se hace utilizando solo el peso molecular, la fuente de cada carril probablemente también indique pistas. Considere que bajo ciertas condiciones, las proteínas pueden mantener una asociación de dímeros o trímeros en un gel. Por lo tanto, una proteína puede aparecer en un gel como tres bandas distintas. Incluso si las proteínas no pueden ser identificadas, la oscuridad relativa de las bandas puede implicar las concentraciones de las proteínas en solución. Cualquier proteína curiosa y desconocida puede aislarse directamente del gel original y enviarse para su identificación.
