Un enfoque para encontrar pegamentos moleculares es utilizar métodos computacionales para identificar moléculas pequeñas que se predice que se unirán al PPI de interés. Estos métodos se pueden utilizar para examinar grandes bibliotecas de compuestos e identificar aquellos que tienen el mayor potencial de unión al PPI.
Otro enfoque consiste en utilizar métodos experimentales para identificar pegamentos moleculares. Estos métodos pueden implicar la detección de bibliotecas de compuestos contra el PPI de interés in vitro o en células.
Una vez que se ha identificado un posible pegamento molecular, su eficacia y selectividad se pueden evaluar más a fondo en modelos animales de enfermedad. Esto puede implicar probar la capacidad del pegamento molecular para inhibir el IBP de interés y mejorar los síntomas de la enfermedad.
A continuación se muestran algunos métodos específicos que se pueden utilizar para encontrar pegamentos moleculares que se dirijan eficazmente a las enfermedades:
* Proyección virtual: Este método utiliza modelos informáticos para identificar moléculas pequeñas que se predice que se unirán a una interacción proteína-proteína específica. El cribado virtual se puede utilizar para examinar grandes bibliotecas de compuestos de forma rápida y eficaz.
* Diseño de fármacos basado en fragmentos: Este método implica la síntesis y prueba de pequeñas moléculas diseñadas para unirse a fragmentos de proteínas específicos. El diseño de fármacos basado en fragmentos se puede utilizar para identificar moléculas pequeñas que tengan una alta afinidad por una interacción proteína-proteína específica.
* Detección de alto rendimiento: Este método implica probar una gran cantidad de moléculas pequeñas contra una interacción proteína-proteína específica in vitro. La detección de alto rendimiento se puede utilizar para identificar moléculas pequeñas que inhiben la interacción de interés.
* Ensayo de cambio térmico celular (CETSA): Este método mide la estabilidad térmica de una proteína en presencia de moléculas pequeñas. CETSA se puede utilizar para identificar moléculas pequeñas que estabilizan una interacción proteína-proteína específica.
* Métodos biofísicos: Estos métodos se pueden utilizar para medir la afinidad de unión, la cinética y la termodinámica de moléculas pequeñas a una interacción proteína-proteína específica. Se pueden utilizar métodos biofísicos para caracterizar la interacción entre una molécula pequeña y una interacción proteína-proteína y para optimizar el diseño de pegamentos moleculares.
Combinando estos métodos, es posible encontrar pegamentos moleculares que sean eficaces y selectivos para una interacción proteína-proteína particular. Esto podría conducir al desarrollo de nuevos tratamientos para una amplia gama de enfermedades.
