(Phys.org) —U.K. Oxford Nanopore Technologies, con sede en Oxford, ha cumplido una promesa hecha hace dos años de producir un secuenciador de genoma económico que se basa en la tecnología de nanoporos. David Jaffe, con el Instituto Broad informó a una audiencia en la reunión de Avances en Biología y Tecnología del Genoma en Florida la semana pasada que Oxford Nanopore le pidió que probara el nuevo dispositivo, llamado el MinION, y lo ha encontrado prometedor.

Oxford Nanopore Technologies creó un gran revuelo en el mundo de las ciencias biológicas en 2012 cuando representantes de la compañía anunciaron que su equipo de investigación había creado con éxito un dispositivo de secuenciación basado en tecnología nanopore y que poco después se entregaría un prototipo económico a investigadores externos a la compañía. Aparentemente, la empresa tuvo dificultades para mejorar su tecnología de poros y tuvo que encontrar algunos materiales alternativos, de ahí el retraso de dos años.

La secuenciación de nanoporos es donde se extraen hebras simples de ADN a través de un poro (a medida que cada par de bases pasa a través del poro, se mide su conductividad), información que se puede utilizar para la identificación mediante una computadora. La ventaja de este enfoque es que, al menos en principio, se puede secuenciar cualquier longitud de hebra.

El MinION aún no está a la venta; en este momento, la compañía está poniendo prototipos a disposición de unos pocos notables en el campo de la secuenciación del genoma; cada uno tendrá que aportar $ 1000 como pago inicial por el honor. El dispositivo se conecta a un puerto de una computadora, que hace el procesamiento. Junto con el dispositivo, que se ha comparado con el tamaño de un paquete de chicle, Oxford Nanopore Technologies enviará muestras de ADN que los investigadores pueden usar para aprender a usar el nuevo dispositivo; después de eso, pueden secuenciar lo que quieran. Al probar hebras de dos tipos de ADN bacteriano que se le enviaron, Jaffe informa haber obtenido resultados mixtos:en algunos casos, se obtuvieron correctamente grandes extensiones de datos, pero en otros hubo algunos errores. Para ensamblar el genoma completo de un tipo de bacteria, por ejemplo, también tuvo que utilizar un dispositivo de secuenciación fabricado por otra empresa. Señaló que es optimista sobre el dispositivo, sin embargo, ya que los representantes de Oxford Nanopore le han asegurado que las tasas de error se pueden reducir utilizando ciertas técnicas incluso cuando se están trabajando mejoras en el dispositivo en el laboratorio.

Si las tasas de error con MinION se pueden reducir a un nivel práctico, el dispositivo podría marcar un punto de inflexión en la secuenciación de gemas, ya que sería un dispositivo que podría transportarse y utilizarse para el trabajo de campo. Y aunque no se ha anunciado el costo de dicho dispositivo, Oxford Nanopore ha utilizado repetidamente términos como económico y asequible para describirlo, lo que indica que costará mucho menos que otros dispositivos de secuenciación actualmente en el marcador, una vez que esté listo para la venta.

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