Los hongos son un grupo de microorganismos que se clasifican en un reino aparte de las plantas y los animales. Se encuentran abundantemente en una gran cantidad de entornos, y viven una existencia independiente, dependiente (parasitaria) o mutuamente beneficiosa. Los hongos son vitales para mantener el funcionamiento adecuado del ecosistema al descomponer la materia muerta y liberar nutrientes vitales en el suelo y la atmósfera.
Hongos saprófitos
Los hongos saprófitos (o descomponedores) son el grupo más grande de hongos que habitan en el suelo. Convierten materia muerta y /o descompuesta en ácidos orgánicos, dióxido de carbono y biomasa fúngica (o sus propios cuerpos). Descomponen la materia orgánica dura, como la madera, al consumir sus nutrientes e inmovilizarla en el suelo. Los hongos saprófitos son capaces de descomponer la celulosa, la lignina (cuya descomposición libera el carbono esencial que muchos organismos utilizan) y las proteínas. Por lo general, se encuentran alrededor de animales muertos, insectos, hojas y árboles caídos. Ejemplos de hongos saprófitos incluyen Pleurotus ostreatus (seta de ostra), Lentinula edodes (shiitake) y Stropharia rugosoannulata (rey Stropharia).
Mutualists Fungi
Los mutualistas son un grupo de hongos que forman relaciones mutuamente beneficiosas (relaciones que benefician a ambas especies involucradas) con las plantas. Por lo general, crecen en las raíces de las plantas y les ayudan a obtener nutrientes (como el fósforo) del suelo. Los hongos micorrízicos son un grupo de mutualistas que crecen dentro de las raíces de las plantas. Existen cuatro grupos principales de hongos micorrízicos, que incluyen orquídeas, ericoides, ectomicorrizas y arbusculares. Casi el 90 por ciento de todas las plantas forman asociaciones mutuamente beneficiosas con los hongos micorrízicos. Ejemplos de mutualistas incluyen hongos de las familias Zygomycota y Basidiomycota.
Hongos patógenos
Los hongos patógenos invaden una planta huésped y descomponen su materia viva. Quitan a sus huéspedes los nutrientes vitales, lo que hace que la planta se debilite y eventualmente muera. Los hongos patógenos ingresan a una planta ya sea a través de su piel externa (epidermis) o al crecer dentro de sus estomas (respirando agujeros). Infectan una planta y la hacen morir, o la dejan vivir mientras roban nutrientes vitales de la planta viva. Las enfermedades de las plantas causadas por los hongos que habitan en el suelo incluyen podredumbre del fondo, mancha negra, cancro, herrumbre, enfermedad de Rhizoctinia, podredumbre de la raíz y verruga de la patata. Los hongos patógenos del suelo se encuentran comúnmente al inicio de la temporada de cultivo. Ejemplos de hongos patógenos incluyen Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora y Verticillium.